महेश संन्यास आश्रमले अनुसन्धान केन्द्रको सञ्चालनका लागि विभिन्न प्राज्ञिक निकायसँग सहकार्य गरेर विशेषज्ञ विद्वान्हरूसहितको अनुसन्धान सभा गठन गरी केन्द्रको सञ्चालन गर्नेछ । विविध सांस्कृतिक परम्पराका विशेषज्ञ विद्वान्हरू र देश-विदेशका अनुसन्धाताहरू यस केन्द्रको परियोजनासँग सम्बन्धित हुनेछन् । अनुसन्धान केन्द्रका सबै परियोजना र भौतिक सम्पत्तिको संरक्षण-संवर्धन महेश संन्यास आश्रमको रेखदेखमा हुनेछ । अनुसन्धान केन्द्रको प्रस्तावित नियमावली २०७८ अनुसार विभिन्न समिति, विशेषज्ञ समिति एवं उपसमितिहरूबाट केन्द्रको सञ्चालन हुनेछ । नियमावली महेश संन्यास आश्रमको साधारण सभाबाट पारित भएपछि लागू हुनेछ । प्रस्तावित संस्थागत संरचना यस प्रकारको छ ।
क) अनुसन्धान केन्द्रको उद्देश्यको प्रभावकारी कार्यान्वयन र ऐकमत्यमा प्रयत्नशील रही प्राप्त उपलब्धिहरूको सकारात्मक प्रचार गर्न नेपालका विशिष्ट पीठधीश, सम्प्रदाय प्रमुख र अगुवाहरू सम्मिलित संरक्षक मण्डल गठन हुनेछ । ख) यस अनुसन्धान केन्द्रलाई परामर्श दिनका लागि परामर्श मण्डल गठन हुनेछ । यसमा महेश-संन्यास-आश्रमले विशेषज्ञताका आधारमा सिफारिस गरेका विविध विषयका विज्ञहरू सदस्य रहनेछन् । परामर्श मण्डलको आकार आवश्यकता अनुसार हुनेछ । ग) अनुसन्धान केन्द्रको वार्षिक कार्ययोजना एवं आवश्यक सम्पूर्ण कार्य गर्नका लागि सञ्चालक परिषद् रहनेछ । घ) सञ्चालक परिषद्का सदस्यहरूबाट दैनिक कार्य सञ्चालनका लागि ७ सदस्यीय कार्य समिति गठन गरिनेछ । जसमा मातृसंस्थाका प्रमुख या उनका प्रतिनिधि, निर्देशक, प्रशासकीय अधिकृत, आश्रमले सिफारिस गरेका विज्ञ र महिला सदस्य गरी ७ सदस्य रहनेछन् । ङ) अनुसन्धान केन्द्रको अन्तरराष्ट्रिय प्रचारप्रसार, सहयोग सङ्कलन एवं विभिन्न प्राज्ञिक संस्थाहरूसँग सम्बन्धविस्तारका लागि अन्तरराष्ट्रिय समन्वय समिति समेत गठन गरिनेछ ।
